Un 16 de febrero de 1835, Juan Facundo Quiroga es asesinado por el  capitán Santos Pérez, en el paraje cordobés de Barranca Yaco. Cuenta la historia que recibió insistentes advertencias de que sería asesinado en ese viaje donde fue emboscado. Quiroga era un blanco fácil, ya que no llevaba escolta militar. Todos los cuerpos fueron degollados, incluso el de Facundo.

Cuando la galera y su mínima escolta (iba un niño de 12 años) estaban a pocas leguas de la posta del Ojo del Agua, un joven salió del monte y les hizo señas  para que se detuvieran exclamando que en Barranca Yaco había una partida al mando de Santos Pérez y que tenían  orden que nadie saliera con vida. Santos Pérez debió matar a uno de los suyos cuando se negó a degollar al niño Basualdo de 12 años, que a los gritos clamó hasta último momento por su madre.

Relata la crónica que el  caudillo le dio las gracias, y le dijo “no ha nacido todavía el hombre que ha de matar a Facundo Quiroga. A un grito mío, esa partida mañana se pondrá a mis órdenes, y me servirá de escolta hasta Córdoba. Vaya usted, amigo, sin cuidado”
Jorge Luis Borges , quien desliza la idea que Rosas tenía que ver en el atentado, recrearía noventa años más tarde ese momento en su poema “El general Quiroga va en coche al muere”. ¨Poema que escuchamos en su voz.

Quiroga derrotado  por las fuerzas de José María Paz en La Tablada (batalla tras la cual los oficiales de Paz fusilaron prisioneros), y más tarde en Oncativo, se convertiría en el modelo de Sarmiento para su perfil del caudillismo en Facundo.

El libro “Facundo “o civilización y barbarie de Domingo Faustino Sarmiento escrito en 1845, durante su exilio en Chile, narra la vida del caudillo federal siendo una crítica y denuncia del gobierno de Juan Manuel de Rosas. 

En la obra se analizaron los conflictos que surgieron en nuestro país a partir de la Independencia (1816). Por un lado, hay un eje puesto en Juan Facundo Quiroga, y que fuere gobernador de la provincia de La Rioja, a quien relaciona con Rosas en su impronta, y por otro lado, enfatiza  sobre la  dicotomía social de “Civilización y Barbarie”.

Para Sarmiento las ciudades eran “el centro de la civilización y se contraponían a los desiertos que eran sinónimo de naturaleza salvaje. Dos sociedades no solo diferentes, sino contrapuestas.

Por su parte, Félix Luna sostiene que el caudillo  hablaba de Constitución y Organización Nacional  antes que ninguno, y que su figura tenía relieve político en todo el territorio de la Confederación. Para muchos historiadores, fue el primer muerto político de la Argentina.
Las leyendas que surgieron a partir de Quiroga son abundantes. Una asevera que los hombres que lo acompañaban en su montonera, se transformaban en tigres nocturnos durante los ataques para no ser descubiertos.

Después de Oncativo, y durante su permanencia en Buenos Aires, hasta Barranca Yaco, se agravaron las dos enfermedades que tenía: la ludomanía y el reuma. Facundo Quiroga jugaba muchísimo y  gastó y ganó fortunas.

Era un  hombre supersticioso, que nada hacía los días 13 y que contaba que su famoso caballo Moro podía ver el futuro y que solo a él se lo confiaba. Sus soldados, antes de cada  batalla, contemplaban  los  largos diálogos entre el caballo y Quiroga en reverencial silencio.

 Antes de morir,  Quiroga le pidió al caudillo santafesino  Estanislao López la devolución de su “Moro”, extraviado después de la batalla de Oncativo. Lo cierto es que nunca se volvieron a ver, y el caballo no pudo advertirle de su destino fatal.

Quiroga tenía una enfermedad que estaba terminando lentamente con  sus articulaciones, lo que le impedía montar con la destreza habitual. De haber andado a caballo probablemente,  hubiese escapado a su muerte.

"Mi salud sigue en una alternativa cruel. Los ratos de despejo no compensan los del decaimiento y destemplanza que sufro; sin embargo yo pugno contra los males y no desmayo si del todo no me abandonan las fuerzas", le escribió a Rosas, quien, pocos días después de su partida, le envió una fórmula casera para el reumatismo, preparado con base en ajo machacado, polvo dulce de mercurio y aceite para frotarse sobre las articulaciones doloridas. 

A Facundo lo depositaron en la capilla ardiente de Sinsacate  y desde allí, sus restos fueron a reposar al cementerio de la catedral de Córdoba, para terminar a pedido de su esposa, en la cripta de la Iglesia San Francisco y, por último, en una bóveda del Cementerio de la Recoleta bajo la imagen de la Dolorosa, la estatua que su yerno, el barón Demarchi, había encargado al escultor Tartarini. 

A partir de allí,  una leyenda fue tomando cuerpo:…” El Tigre de los llanos,  había sido sepultado, siguiendo una vieja tradición de los caballeros castellanos, de pie…”

En 2008,  el médico y periodista Omar López Mato  junto a un arqueólogo, se propusieron investigar la leyenda y pidieron autorización a los familiares de Quiroga para ver si efectivamente había sido enterrado de pie. Con la ayuda de un aparato de eco  y la perforación de una de las paredes de la tumba, descubrieron un  ataúd de bronce parado. O sea De pie.

Los habitantes de Barranca Yaco, cuentan que cuando el viento sopla entre los espinillos del monte, suele traer los lamentos desesperados del niño de 12 años degollado, que pide por su madre que no puede escucharlo.