La Copa Liga Profesional no sumará para los promedios del descenso y dividirá a los 24 equipos participantes en 6 zonas de 4 equipos cada una, que serán encabezadas por Boca, River, Independiente, San Lorenzo, Racing y Vélez.

La Fase Clasificación será en seis zonas de cuatro equipos cada una y se disputarán a dos ruedas, todos contra todos. Los dos primeros de cada una se clasificarán a la fase llamada Campeón de Copa 2020, mientras que los terceros y cuartos irán a la denominada Complementación de Copa 2020.

Los 12 equipos que se ubiquen en los dos primeros lugares de cada una de las seis zonas de la Fase Clasificación se dividirán en dos grupos, A y B, de seis equipos cada uno, y los enfrentamientos serán a un solo cotejo, todos contra todos. Los ganadores de los grupos A y B disputarán la final, el 16 o 17 de enero, también a solo partido El vencedor se clasificará a la Copa Libertadores 2021 como Argentina 2.

Si es Boca, ya clasificado por ser el último campeón, se clasificará a la Copa Sudamericana 2022. La fase Complementación de Copa 2020 se jugará con el mismo sistema.